امام خمینی در سال ۱۳۰۸ هجری خورشیدی با خدیجه ثقفی دختر میرزا محمد ثقفی تهرانی ازدواج کرد و برخلاف رسم آن زمان در امور منزل به همسرش کمک می کرد و برای او شان و منزلت خاصی قائل بود. حاصل این ازدواج، دو پسر و سه دختر بود.
امام خمینی تحصیلات مقدماتی خود را در مکتب محلی و مدرسه ای در خمین گذراند سپس
در سال 1299 خورشیدی، برای تکمیل تحصیلات خود راهی اراک شد و وارد مدرسه سپهدار
شد. یک سال بعد به دنبال مهاجرت آیت الله حائری به حوزه علمیه قم، خمینی نیز راهی این
شهر شد. و او علاوه بر دروس فقه و اصول، درس فلسفه، ریاضیات، هیئت و عرفان را نیز نزد
اساتید صاحب نام فراگرفت.
امام خمینی از سنین کودکی و نوجوانی با بهره گیری از هوشی سرشار، قسمتی از معارف متداول روز و علوم مقدماتی و سطح حوزه های دینیه، از آن جمله ادبیات عرب، منطق، فقه و اصول را نزد معلمین و علمای منطقه خمین نظیر آقا میرزا محمود افتخار العلماء، میرزا رضا نجفی خمینی، شیخ علی محمد بروجردی، آقاشیخ محمد گلپایگانی و مرحوم آقا عباس اراکی و بیش از همه نزد برادر بزرگش آیت الله سید مرتضی پسندیده فرا گرفت و در سال 1298 ه. ش عازم حوزه علمیه اراک شد.
اندکی پس از هجرت آیت الله العظمی حاج شیخ عبدالکریم حائری یزدی (نوروز 1301 هجری شمسی، مطابق با رجب المرجب 1340 هجری قمری) امام خمینی نیز از طریق خمین رهسپار حوزه علمیه قم گردید و به سرعت مراحل تحصیلات تکمیلی علوم حوزوی را نزد اساتید حوزه قم طی کرد، ایشان تنها به ادبیات عرب و دروس فقه و اصول بسنده نکرد و به دیگر رشته های علمی نیز علاقه مندانه روی آورد. از این رو همزمان با فراگیری فقه و اصول نزد فقها و مجتهدینِ وقت به فراگیری ریاضیات و هیئت و فلسفه نزد مرحوم حاج سید ابوالحسن رفیعی قزوینی و ادامه همین دروس به اضافه علوم معنوی و عرفانی نزد مرحوم آقا میرزا علی اکبر حکمی یزدی و عروض و قوافی و فلسفه اسلامی و فلسفه غرب نزد مرحوم آقا شیخ محمدرضا مسجدشاهی اصفهانی و عالیترین سطوح عرفان نظری و عملی را به مدت شش سال نزد مرحوم آیت الله آقا میرزا محمدعلی شاه آبادی ـ اعلی الله مقاماتهم ـ پرداخت. امام خمینی با آیت الله حاج میرزا جواد ملکی تبریزی نیز مأنوس بود و از ایشان به نیکی یاد می کرد.
حاصل ازدواج آیت الله سید مصطفی موسوی با هاجر خانم، دو فرزند دختر و سه فرزند پسر بود. روح الله آخرین فرزند این خانواده بود. سید مصطفی در اسفند ۱۲۸۱ خورشیدی (ذی الحجه ۱۳۲۰ قمری) و در پنج ماهگی روح الله، به شهادت رسید و سرپرستی او را مادر و عمه اش بر عهده گرفتند.
پدر ایشان آیت الله سید مصطفی موسوی از معاصرین مرحوم آیت الله میرزای شیرازی بود که پس از آنکه سالیانی چند در نجف اشرف علوم و معارف اسلامی را فرا گرفته و به درجه اجتهاد نایل آمده بود به ایران بازگشت و در خمین ملجأ مردم و هادی آنان در امور دینی بود. کمتر از پنج ماه از ولادت روح الله نمی گذشت که طاغوتیان و خوانین تحت حمایت عمال حکومت، ایشان را که در مقابل زورگویی هایشان به مقاومت برخاسته بود به شهادت رساندند. بدین ترتیب روح الله تحت سرپرستى مادر مومنه اش (بانو هاجر) که خود از نوادگان آیت الله خوانساری (صاحب زبدة التصانیف) بود و همچنین نزد عمه مکرمه اش (صاحبه خانم) پرورش یافت و مورد توجه آنان بود. او در کودکى باهوش بود و قامتی رشید و درشت داشت و با جست و خیز زیاد، سرآمد همبازی های خود بود.
روح الله، تا سن 15 سالگی از نعمت مادر و عمه نیز محروم شد.
به نام خداوند بخشنده و مهربان
بسم الله الرحمن الرحیم
Name of Allah, Most Gracious, Most Merciful
真主的名义，最亲切，最仁慈
Nom d'Allah, le Tout Miséricordieux, le Très Miséricordieux
アッラーの名前、ほとんどの場合、慈悲深き
Allah ismi, çok, çok merhamet merhametli
Имя Аллаха, Милостивого, Милосердного
Nome di Allah, il Compassionevole, il Misericordioso
Namen Allahs, des Gnädigen, des Barmherzigen
알라의 이름, 대부분의, 가장 자비로운 은혜