حاصل ازدواج آیت الله سید مصطفی موسوی با هاجر خانم، دو فرزند دختر و سه فرزند پسر بود. روح الله آخرین فرزند این خانواده بود. سید مصطفی در اسفند ۱۲۸۱ خورشیدی (ذی الحجه ۱۳۲۰ قمری) و در پنج ماهگی روح الله، به شهادت رسید و سرپرستی او را مادر و عمه اش بر عهده گرفتند.
پدر ایشان آیت الله سید مصطفی موسوی از معاصرین مرحوم آیت الله میرزای شیرازی بود که پس از آنکه سالیانی چند در نجف اشرف علوم و معارف اسلامی را فرا گرفته و به درجه اجتهاد نایل آمده بود به ایران بازگشت و در خمین ملجأ مردم و هادی آنان در امور دینی بود. کمتر از پنج ماه از ولادت روح الله نمی گذشت که طاغوتیان و خوانین تحت حمایت عمال حکومت، ایشان را که در مقابل زورگویی هایشان به مقاومت برخاسته بود به شهادت رساندند. بدین ترتیب روح الله تحت سرپرستى مادر مومنه اش (بانو هاجر) که خود از نوادگان آیت الله خوانساری (صاحب زبدة التصانیف) بود و همچنین نزد عمه مکرمه اش (صاحبه خانم) پرورش یافت و مورد توجه آنان بود. او در کودکى باهوش بود و قامتی رشید و درشت داشت و با جست و خیز زیاد، سرآمد همبازی های خود بود.
روح الله، تا سن 15 سالگی از نعمت مادر و عمه نیز محروم شد.
