امام خمینی در سال ۱۳۰۸ هجری خورشیدی با خدیجه ثقفی دختر میرزا محمد ثقفی تهرانی ازدواج کرد و برخلاف رسم آن زمان در امور منزل به همسرش کمک می کرد و برای او شان و منزلت خاصی قائل بود. حاصل این ازدواج، دو پسر و سه دختر بود.
امام خمینی در سال 1308 ه. ش. با خانم خدیجه ثقفی ازدواج کردند. عقد آنان در ماه مبارک رمضان، در شاه عبدالعظیم منعقد گردید. همسر مکرمه حضرت امام خمینی(س) خانم خدیجه ثقفی ملقب به قدس ایران دختر آیت الله میرزا محمد ثقفی صاحب تفسیر روان جاوید، از علمای متجدد تهران و از شاگردان مرحوم آیت الله العظمی حائری یزدی بود. ایشان از نعمت هوش و استعداد ذاتی، حافظه ای فوق العاده، پشتکار و علاقه وافری به تحصیل دانش برخوردار بودند و تحصیلات کلاسیک علوم جدید را در دبیرستان های تازه تأسیس در آن دوره کسب کرده بودند. زبان فرانسه را به خوبی در مدرسه آموخته بودند و زبان عربی را نزد حضرت امام آموخته و بر شعر و ادب فارسی، مانند غزلیات حافظ و سعدی یا کتاب بوستان و گلستان سعدی و کلیله و دمنه و دیگر کتب ادبی تسلط داشتند و پس از ازدواج نیز دروس حوزوی را به مدت 15 سال نزد حضرت امام فرا گرفتند و همیشه تحصیل ایشان مورد تشویق، و استعداد و کمال فهم ایشان مورد اعتراف امام بوده است. همسر مکرم امام، علاوه بر آنکه مورد تکریم امام بودند، به شدت مورد علاقه ایشان بوده و امام علاقه خود را به همسر محبوب خود بارها ابراز می داشتند و این نکته به وضوح در میان خانواده و آشنایان مشخص و مورد توجه بوده است. حاصل ازدواج آنان آن 8 فرزند، 3 پسر و 5 دختر بوده است که سه فرزند ایشان در دوران کودکی از دنیا رفتند و 5 فرزند از ایشان به کمال رسیدند. فرزندان حضرت امام در طول زندگی پر برکت ایشان، خالصانه در خدمت امام و هدف امام بودند. فرزندان امام به ترتیب سن عبارتند از : سید مصطفی خمینی ،صدیقه مصطفوی، فریده مصطفوی، فهیمه مصطفوی و سید احمد خمینی بوده است.